OS X のemacsをシェルから起動してもPATHが引き継がれなくなった問題

起こったこと

あるとき気がついたら，YaTeXのC-c t jやC-c t bが効かなくなっていた．
具体的には，

/bin/bash: platex: command not found

というメッセージが出て止まってしまう．

ターミナルでは，

which platex
/Library/TeX/texbin/platex

となる一方，M-! which platexとすると何も表示されないので，platexのパスが通っていないらしい．

やってみたこと

emacsが参照しているパスを確認するには，環境変数を確認するコマンドM-x getenvからPATHを選択する．

/use/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin

なるほど全然ダメだ．
tasuwo.github.io

最初はYaTeXの問題かと思ったので，M-x describe-variableからtex-commandを見てみたものの，

tex-command is a variable defined in ‘yatex.el’.
Its value is "platex"

  This variable may be risky if used as a file-local variable.

Documentation:
∗Default command for typesetting LaTeX text.
Overridden with ‘%#! CommandLine...’ in the buffer.

となるので，.emacsやyatex.elのplatexに正しいパスを追記してみるも，効果なし．

また，M-! source ~/.bash_profileなどとやってみても効果なし．

解決した方法

emacsには変数PATHとexec-pathがあり，M-!などでの実行時に読まれているのはM-!らしい．
おそらくもっとも簡便なのは，exec-path-from-shellを設定すること．
sakito.jp
keisanbutsuriya.hateblo.jp
github.com

このときのトラブルのためか，M-x package-installが正常に動作しなかったので，M-x package-list-packagesで一覧から探してインストールした．
ついで.emacs（など）に，

(when (memq window-system '(mac ns x))
  (exec-path-from-shell-initialize))

と書いて，再起動．

無事PATHは引き継がれるようになり，YaTeXも正常に動作するようになりました．
しかしなんでシェルから起動してるのに引き継がれないのだろう．

しばらくして

なぜか.bash_profile, .bashrc, .emacs, .Rprofileのテキストがすべて消えるという謎現象が起こった．